A kirúgása híre sokkolta Coppolát. „Azonnal válaszoltam a Paramountnak – emlékszik vissza a rendező – Mondtam nekik, Brando csak most kezd bemelegedni, még ideges, Alnak is vannak pillanatnyilag gondjai, kértem engedjék meg, hogy bebizonyítsam tudok jobbat is kihozni belőlük, de a stúdió nemet mondott. Ekkor értettem meg azt az igazságot, ha nem engedik kijavítani a hibádat, akkor már biztos új rendezőben gondolkodnak. Vegyes érzelmekkel folytattam a munkát és csütörtökön kirúgtam öt embert, elvégre hivatalosan még én voltam a film rendezője. Kegyetlen húzás volt, de hatott. Szerintem a stúdió ekkor határozta el, inkább békén hagynak, minthogy kitudódjon micsoda balhék vannak A keresztapa körül, ami tovább ártott volna a filmnek.”

Coppola minden idegszálával a filmre koncentrált. Minden jelenetnek tökéletesnek kellett lennie. A híres levágott lófej jelenethez New Jersey-ből egy vágóhídról hozatott lófejet. A fémkonténerben jégtáblák között szállított állattetemet Dick Smith maszkmesternek kellett kezelésbe vennie, mert az állat színe sem volt megfelelő, valamint a homlokán sem volt fehér folt.

A Liga emberei eközben folyamatosan jelen voltak a forgatásokon. Nagyon sok statisztát ők delegáltak a filmhez, akik remekül végezték dolgukat. Tanácsokat osztogattak a kellékeseknek, az öltöztetőknek. Akadtak olyanok is, akiknek hétköznapi viselete tökéletesen megfelelt a filmbéli elvárásoknak. Coppola, mint jó családfőhöz illik, saját családja tagjait is szerepeltette a filmben. Édesapja, Carmine Coppola zongoristaként tűnik fel a filmben. Édesanyjára is osztott cameo szerepet egy jelenetben, amit azonban később kivágott a filmből. Két fia Gian-Carlo és Roman ministránsokként tűnnek fel, valamint akkor született kislánya, Sofia is látható a filmen. Húgának, Taliának fontosabb szerepet szánt. Ő alakítja Don Corleone lányát Connie-t. Thalia az első forgatási napján véletlenül feldöntött egy kamerát, ami órákra bénította meg a forgatást. “Ez természetes – kommentálta Coppola – ha a húgod felbukkan a forgatáson tuti, hogy leveri a kamerát.”

A forgatás lassan a végéhez közeledett és Brando utolsó forgatási feladata előtt állt. A film klasszikus jelenetéhez készülődtek, amelyben a Don meghal a paradicsom bokrok között. Mielőtt azonban nekikezdhettek volna a munkának egy hirtelen jött zivatar tönkretette az ültetvényt, amelynek helyrehozatala több hetet vett igénybe. Al Ruddy producernek ez óriási fejfájást okozott. Tisztában volt azzal, ha Brandónak túlóráznia kell, akkor a szerződése szerint 40 ezer dollár jár neki hetenként. Szerencsére Brando nagylelkű volt és megígérte, hazautazik és azonnal visszautazik, amikor újra hozzákezdhetnek a kérdéses jelenet leforgatásához. Amikor Brando ügynöke meghallotta, hogy Brando milyen nagylelkű gesztust tett, méghozzá ingyen, rögtön felhívta telefonon a producert. „Hogy meritek ezt megtenni az ügyfelemmel. Pontosan tudjátok mi van a szerződésben.” Ruddynak az ügynök leszerelése már rutin feladat volt és szerencsére Brando is betartotta adott szavát így a stúdió megúszta fizetés nélkül a zivatart.

De a fellegek, csak a paradicsom ültetvény felett oszlottak el, az utómunka még csak ekkor vette kezdetét.